samtools_mcp
SAMtools MCP zur Verarbeitung genomischer Dateien. samtools_mcp is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by sirusb. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 8 tools, including view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx, that an agent can call directly. It is categorized under Tool/Docker and Tool/CLI.
Was ist diese MCP
Diese MCP bietet eine standardisierte Schnittstelle für die Arbeit mit SAM/BAM/CRAM-genomischen Alignierungsdateien und bietet Funktionen zur Formatkonvertierung, Sortierung, Indizierung und statistischen Analyse.
Wie man diese MCP verwendet
Die MCP kann über Docker (empfohlen) oder eine lokale Installation genutzt werden. Sie stellt Python-Methoden für gängige Operationen wieview, sort, index und depth-Berechnungen für Alignierungsdateien bereit.
Wofür diese MCP verwendet werden kann
Diese MCP ermöglicht es Genomforschern, Alignierungsdateien programmgesteuert zu verarbeiten, einschließlich Formatkonvertierung, regionsspezifischer Analyse, Read-Filterung und der Generierung umfassender Statistiken für SAM/BAM/CRAM-Dateien.
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the samtools_mcp MCP server?
samtools_mcp is a Model Context Protocol server from sirusb. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect samtools_mcp to my AI client?
Add samtools_mcp to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does samtools_mcp provide?
samtools_mcp provides 8 tools: view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx.
Is samtools_mcp free to use?
samtools_mcp is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
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