md-analysis-planner
Über
Dieses Claude Skill unterstützt Entwickler bei der Planung der Nachbearbeitung von Molekulardynamik-Simulationen, indem es geeignete Analysen wie RDF, MSD und Spannungs-Dehnungs-Berechnungen empfiehlt. Es leitet bei der Auswahl von Trajektoriedateiformaten und Voraussetzungen, bevor Analyse-Skripte erstellt werden. Nutzen Sie es, um zuverlässige Ergebnisse aus Materialsimulationen sicherzustellen.
Schnellinstallation
Claude Code
Empfohlennpx skills add HeshamFS/materials-simulation-skills -a claude-code/plugin add https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skillsgit clone https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills.git ~/.claude/skills/md-analysis-plannerKopieren Sie diesen Befehl und fügen Sie ihn in Claude Code ein, um diese Fähigkeit zu installieren
Dokumentation
MD Analysis Planner
Goal
Choose the right MD trajectory analyses and prerequisites before writing post-processing code.
Requirements
- Python 3.10+
- No external dependencies
- Works on Linux, macOS, and Windows
Inputs to Gather
| Input | Description | Example |
|---|---|---|
| System | Material or molecular system | oxide glass, liquid water |
| Goals | Analysis goals | rdf,diffusion,coordination |
| Trajectory format | Dump, DCD, XYZ, H5MD, etc. | LAMMPS dump |
| Velocities | Whether velocities are stored | true |
| Stress | Whether stress/virial is stored | true |
| Unwrap needed | Whether atoms cross PBC | true |
| Timestep | fs per saved frame | 10 |
Decision Guidance
- Use RDF and coordination for local structure.
- Use MSD for diffusion, but unwrap trajectories and verify diffusive regime.
- Use VACF/VDOS only when velocities or reliable finite-difference velocities exist.
- Use stress-strain only if stress/virial and deformation history are available.
- Always perform equilibration checks before fitting transport or thermodynamic properties.
Script Outputs
scripts/md_analysis_planner.py emits:
analysis_planrequired_dataequilibration_checkspbc_handlingwarnings
Workflow
python3 skills/simulation-workflow/md-analysis-planner/scripts/md_analysis_planner.py \
--system "oxide glass" \
--goals rdf,coordination,bond-angle \
--trajectory-format dump \
--unwrap-needed \
--timestep-fs 10 \
--json
Error Handling
If velocities, stress, or timestep information is missing, downgrade dependent analyses and report warnings.
Limitations
This skill plans analysis and prerequisites; it does not parse large trajectories directly.
Security
- Inputs are scalar CLI values and booleans only.
- The script does not read trajectory files or execute external analysis programs.
- The skill uses
Bashonly to run the bundled script.
References
- See
references/md_analysis_checks.mdfor analysis prerequisites and failure modes.
Version History
- 1.0.0: Initial MD analysis planning skill.
GitHub Repository
Frequently asked questions
What is the md-analysis-planner skill?
md-analysis-planner is a Claude Skill by HeshamFS. Skills package instructions and resources that Claude loads on demand, so Claude can perform md-analysis-planner-related tasks without extra prompting.
How do I install md-analysis-planner?
Use the install commands on this page: add md-analysis-planner to Claude Code as a plugin, or clone its repository into your skills directory, then restart Claude so it picks up the skill.
What category does md-analysis-planner belong to?
md-analysis-planner is in the Design category, tagged ai and design.
Is md-analysis-planner free to use?
Yes. md-analysis-planner is listed on AIMCP and free to install. It runs inside Claude, so no separate service account is required to use the skill itself.
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