samtools_mcp
SAMtools MCP para procesamiento de archivos genómicos. samtools_mcp is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by sirusb. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 8 tools, including view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx, that an agent can call directly. It is categorized under Tool/Docker and Tool/CLI.
¿Qué es este MCP?
Este MCP proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos de alineamiento genómico SAM/BAM/CRAM, ofreciendo capacidades de conversión de formato, ordenamiento, indexación y análisis estadístico.
Cómo usar este MCP
El MCP puede usarse mediante Docker (recomendado) o instalación local. Expone métodos en Python para operaciones comunes comoview, sort, index y cálculos de depth en archivos de alineamiento.
Para qué sirve este MCP
Este MCP permite a los investigadores genómicos procesar archivos de alineamiento de forma programática, incluyendo conversión de formatos, análisis específico por regiones, filtrado de lecturas y generación de estadísticas completas para archivos SAM/BAM/CRAM.
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the samtools_mcp MCP server?
samtools_mcp is a Model Context Protocol server from sirusb. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect samtools_mcp to my AI client?
Add samtools_mcp to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does samtools_mcp provide?
samtools_mcp provides 8 tools: view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx.
Is samtools_mcp free to use?
samtools_mcp is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
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