md-analysis-planner
Acerca de
Esta habilidad de Claude ayuda a los desarrolladores a planificar el postprocesamiento de dinámica molecular recomendando análisis apropiados como RDF, MSD y cálculos de tensión-deformación. Orienta en la elección de formatos de trayectoria y requisitos previos antes de escribir scripts de análisis. Úsala para garantizar resultados confiables en simulaciones de materiales.
Instalación rápida
Claude Code
Recomendadonpx skills add HeshamFS/materials-simulation-skills -a claude-code/plugin add https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skillsgit clone https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills.git ~/.claude/skills/md-analysis-plannerCopia y pega este comando en Claude Code para instalar esta habilidad
Documentación
MD Analysis Planner
Goal
Choose the right MD trajectory analyses and prerequisites before writing post-processing code.
Requirements
- Python 3.10+
- No external dependencies
- Works on Linux, macOS, and Windows
Inputs to Gather
| Input | Description | Example |
|---|---|---|
| System | Material or molecular system | oxide glass, liquid water |
| Goals | Analysis goals | rdf,diffusion,coordination |
| Trajectory format | Dump, DCD, XYZ, H5MD, etc. | LAMMPS dump |
| Velocities | Whether velocities are stored | true |
| Stress | Whether stress/virial is stored | true |
| Unwrap needed | Whether atoms cross PBC | true |
| Timestep | fs per saved frame | 10 |
Decision Guidance
- Use RDF and coordination for local structure.
- Use MSD for diffusion, but unwrap trajectories and verify diffusive regime.
- Use VACF/VDOS only when velocities or reliable finite-difference velocities exist.
- Use stress-strain only if stress/virial and deformation history are available.
- Always perform equilibration checks before fitting transport or thermodynamic properties.
Script Outputs
scripts/md_analysis_planner.py emits:
analysis_planrequired_dataequilibration_checkspbc_handlingwarnings
Workflow
python3 skills/simulation-workflow/md-analysis-planner/scripts/md_analysis_planner.py \
--system "oxide glass" \
--goals rdf,coordination,bond-angle \
--trajectory-format dump \
--unwrap-needed \
--timestep-fs 10 \
--json
Error Handling
If velocities, stress, or timestep information is missing, downgrade dependent analyses and report warnings.
Limitations
This skill plans analysis and prerequisites; it does not parse large trajectories directly.
Security
- Inputs are scalar CLI values and booleans only.
- The script does not read trajectory files or execute external analysis programs.
- The skill uses
Bashonly to run the bundled script.
References
- See
references/md_analysis_checks.mdfor analysis prerequisites and failure modes.
Version History
- 1.0.0: Initial MD analysis planning skill.
Repositorio GitHub
Frequently asked questions
What is the md-analysis-planner skill?
md-analysis-planner is a Claude Skill by HeshamFS. Skills package instructions and resources that Claude loads on demand, so Claude can perform md-analysis-planner-related tasks without extra prompting.
How do I install md-analysis-planner?
Use the install commands on this page: add md-analysis-planner to Claude Code as a plugin, or clone its repository into your skills directory, then restart Claude so it picks up the skill.
What category does md-analysis-planner belong to?
md-analysis-planner is in the Design category, tagged ai and design.
Is md-analysis-planner free to use?
Yes. md-analysis-planner is listed on AIMCP and free to install. It runs inside Claude, so no separate service account is required to use the skill itself.
Habilidades relacionadas
Utilice la habilidad executing-plans cuando tenga un plan de implementación completo para ejecutar en lotes controlados con puntos de revisión. Esta habilidad carga y revisa críticamente el plan, luego ejecuta tareas en pequeños lotes (por defecto 3 tareas) mientras reporta el progreso entre cada lote para la revisión del arquitecto. Esto asegura una implementación sistemática con puntos de control de calidad integrados.
Esta habilidad despacha un subagente revisor de código para analizar los cambios en el código frente a los requisitos antes de proceder. Debe usarse después de completar tareas, implementar funciones principales o antes de fusionar con la rama principal. La revisión ayuda a detectar problemas de forma temprana al comparar la implementación actual con el plan original.
Esta habilidad proporciona una guía integral para que los desarrolladores conecten servidores MCP a Claude Code mediante transportes HTTP, stdio o SSE. Cubre la instalación, configuración, autenticación y seguridad para integrar servicios externos como GitHub, Notion y APIs personalizadas. Úsala al configurar integraciones MCP, al configurar herramientas externas o al trabajar con el Protocolo de Contexto del Modelo de Claude.
Esta habilidad ayuda a los desarrolladores a elegir entre las interfaces web y CLI de Claude Code mediante el análisis de tareas, y luego permite la teletransportación fluida de sesiones entre estos entornos. Optimiza el flujo de trabajo gestionando el estado y el contexto de la sesión al cambiar entre web, CLI o móvil. Úsala para proyectos complejos que requieren diferentes herramientas en varias etapas.