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chai

NeverSight
Actualizado 6 days ago
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Otrostructure-predictionvalidationfoundation-model

Acerca de

La habilidad chai proporciona predicción de estructura para proteínas y complejos utilizando el modelo fundacional Chai-1. Está diseñada para predecir interacciones proteína-proteína, validar ligandos y manejar complejos proteína-ligando, sirviendo como alternativa a AlphaFold2. Los desarrolladores deben utilizarla para predicciones de alto rendimiento a través de la API de Chai cuando apliquen esos casos de uso específicos.

Instalación rápida

Claude Code

Recomendado
Principal
npx skills add NeverSight/skills_feed -a claude-code
Comando PluginAlternativo
/plugin add https://github.com/NeverSight/skills_feed
Git CloneAlternativo
git clone https://github.com/NeverSight/skills_feed.git ~/.claude/skills/chai

Copia y pega este comando en Claude Code para instalar esta habilidad

Repositorio GitHub

NeverSight/skills_feed
Ruta: data/skills-md/adaptyvbio/protein-design-skills/chai
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boltz

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Boltz proporciona predicción de estructuras biomoleculares de código abierto utilizando los modelos Boltz-1/Boltz-2, sirviendo como alternativa a AlphaFold2. Se especializa en predecir complejos proteicos, validar ligandos diseñados y manejar interacciones proteína-ligando. Esta habilidad es particularmente útil cuando necesitas predicción de estructuras de código abierto o deseas aprovechar recursos locales de GPU.

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alphafold

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La habilidad alphafold utiliza AlphaFold2 para validar diseños de proteínas mediante la predicción de estructuras y el cálculo de métricas de confianza. Soporta validación de cadena única, complejos ligando-objetivo y predicciones de múltiples cadenas con AlphaFold-Multimer. Para predicciones más rápidas de cadena única, los desarrolladores deben utilizar la habilidad esm en su lugar.

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BindCraft ofrece un diseño integral de ligandos proteicos con optimización conjunta de la estructura y secuencia, y validación incorporada con AlphaFold2. Es ideal para campañas de producción de ligandos de alta calidad, ya que proporciona distintos protocolos de velocidad para equilibrar la calidad del diseño y el coste computacional. Utilice esta habilidad cuando necesite altas tasas de éxito experimental en el diseño de ligandos, en lugar de solo la generación de estructuras.

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BoltzGen es un modelo de difusión de todos los átomos para el diseño de proteínas que genera simultáneamente las coordenadas del esqueleto principal y de las cadenas laterales. Es especialmente adecuado para diseñar proteínas alrededor de moléculas pequeñas o ligandos donde se requieren geometrías de unión precisas. Utiliza esta habilidad cuando necesites un diseño consciente de las cadenas laterales desde el principio y estés trabajando con una configuración basada en YAML.

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