bindcraft

Boltz proporciona predicción de estructuras biomoleculares de código abierto utilizando los modelos Boltz-1/Boltz-2, sirviendo como alternativa a AlphaFold2. Se especializa en predecir complejos proteicos, validar ligandos diseñados y manejar interacciones proteína-ligando. Esta habilidad es particularmente útil cuando necesitas predicción de estructuras de código abierto o deseas aprovechar recursos locales de GPU.

La habilidad alphafold utiliza AlphaFold2 para validar diseños de proteínas mediante la predicción de estructuras y el cálculo de métricas de confianza. Soporta validación de cadena única, complejos ligando-objetivo y predicciones de múltiples cadenas con AlphaFold-Multimer. Para predicciones más rápidas de cadena única, los desarrolladores deben utilizar la habilidad esm en su lugar.

BoltzGen es un modelo de difusión de todos los átomos para el diseño de proteínas que genera simultáneamente las coordenadas del esqueleto principal y de las cadenas laterales. Es especialmente adecuado para diseñar proteínas alrededor de moléculas pequeñas o ligandos donde se requieren geometrías de unión precisas. Utiliza esta habilidad cuando necesites un diseño consciente de las cadenas laterales desde el principio y estés trabajando con una configuración basada en YAML.

BindCraft ofrece un diseño integral de ligandos proteicos con optimización conjunta de la estructura y secuencia, y validación incorporada con AlphaFold2. Es ideal para campañas de producción de ligandos de alta calidad, ya que proporciona distintos protocolos de velocidad para equilibrar la calidad del diseño y el coste computacional. Utilice esta habilidad cuando necesite altas tasas de éxito experimental en el diseño de ligandos, en lugar de solo la generación de estructuras.