fair-simulation-packager

HeshamFS

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Metaaidata

Acerca de

Esta habilidad crea paquetes reproducibles y compatibles con FAIR para datos de simulación de materiales, recolectando automáticamente archivos de entrada/salida, metadatos de procedencia e identificadores de estructuras. Genera manifiestos con hashes de archivos, versiones de motores y metadatos estandarizados para plataformas como NOMAD y Materials Project. Los desarrolladores deben utilizarla antes de publicar, archivar o transferir resultados de simulación para garantizar la reproducibilidad.

Instalación rápida

Claude Code

Recomendado

Principal

npx skills add HeshamFS/materials-simulation-skills -a claude-code

Comando PluginAlternativo

/plugin add https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills

Git CloneAlternativo

git clone https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills.git ~/.claude/skills/fair-simulation-packager

Copia y pega este comando en Claude Code para instalar esta habilidad

Documentación

FAIR Simulation Packager

Goal

Build a minimal reproducibility manifest for materials simulation results so another person or agent can understand what was run, with which inputs, and how outputs should be interpreted.

Requirements

Python 3.10+
No external dependencies
Works on Linux, macOS, and Windows

Inputs to Gather

Input	Description	Example
Project name	Human-readable bundle name	`al-cu-diffusion-study`
Engine	Simulation code	`LAMMPS`, `VASP`, `MOOSE`
Input files	Files needed to rerun	`in.lammps,data.lmp`
Output files	Files needed to verify results	`log.lammps,traj.dump`
Structure ID	Database or local identifier	`mp-149`
Units	Field/unit mapping	`energy=eV,length=angstrom`

Decision Guidance

Always include input files, output files, code version, and units.
Include hashes for every file that exists locally.
Include structure identifiers when using Materials Project, NOMAD, OPTIMADE, CIF, POSCAR, or internal database records.
Record missing files as warnings instead of silently dropping them.

Script Outputs

scripts/fair_packager.py emits:

manifest
file_inventory
missing_files
fair_checks
recommended_next_steps

Workflow

python3 skills/data-management/fair-simulation-packager/scripts/fair_packager.py \
  --project-name al-cu-diffusion \
  --engine LAMMPS \
  --inputs in.lammps,data.lmp \
  --outputs log.lammps,traj.dump \
  --units energy=eV,length=angstrom,time=ps \
  --structure-id local:alcu-cell-001 \
  --json

Use --out manifest.json only when the user wants a manifest file written.

Error Handling

Missing files are reported in missing_files; invalid unit fields or unsafe paths stop with exit code 2.

Limitations

This skill creates a metadata manifest. It does not upload to NOMAD, Materials Project, or an OPTIMADE provider.

Security

File paths are read only for metadata and SHA-256 hashing.
The script rejects control characters and oversized files above 500 MB.
Optional manifest writing is restricted to the requested output path.
The skill uses Bash only to run the bundled script.

References

See references/fair_manifest.md for recommended manifest fields.

Version History

1.0.0: Initial FAIR simulation packaging skill.

Repositorio GitHub

HeshamFS/materials-simulation-skills

Ruta: skills/data-management/fair-simulation-packager

agent-skillsagentscli-toolscomputational-sciencellmmaterials-science

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