synapse-mcp
OAuth2を使用してバイオメディカルデータにアクセスするためのSynapse MCPサーバー. synapse-mcp is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by susheel. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 7 tools, including authenticate, get_oauth_url, get_entity, get_entity_annotations, get_entity_children, query_entities and query_table, that an agent can call directly. It is categorized under Data/Storage and Tool/Server.
このMCPについて
これは、OAuth2認証をサポートしたRESTful APIを通じて、Synapseのバイオメディカルデータエンティティ（データセット、プロジェクト、ファイル）とそのアノテーションにアクセスを提供するModel Context Protocolサーバーです。
使用方法
このサーバーはpipまたはDocker経由でインストールでき、ローカルで実行するかFly.ioのようなクラウドサービスにデプロイできます。SynapseデータをクエリするためのCLIとAPIエンドポイントを提供し、直接認証とOAuth2フローの両方をサポートしています。
用途
Synapse MCPサーバーは、Synapseに保存されたバイオメディカル研究データへのプログラムによるアクセスを可能にし、Croissantなどの様々な形式でデータセット、テーブル、メタデータをクエリできます。ClaudeのようなAIツールとの統合を容易にし、バイオメディカルデータ分析を支援します。
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the synapse-mcp MCP server?
synapse-mcp is a Model Context Protocol server from susheel. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect synapse-mcp to my AI client?
Add synapse-mcp to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does synapse-mcp provide?
synapse-mcp provides 7 tools: authenticate, get_oauth_url, get_entity, get_entity_annotations, get_entity_children, query_entities and query_table.
Is synapse-mcp free to use?
synapse-mcp is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
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