PubTator-MCP-Server
MCP経由の生物医学文献アノテーションサーバー. PubTator-MCP-Server is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by JackKuo666. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 5 tools, including export_publications, find_entity_id, find_related_entities, search_pubtator and batch_export_from_search, that an agent can call directly. It is categorized under AI/Research and Data/PubMed.
このMCPについて
このMCPはPubTator3の生物医学文献アノテーションシステムにプログラムでアクセスできるようにし、AIモデルが科学文献を検索し、アノテーションを抽出し、エンティティ間の関係を分析することを可能にします。
使用方法
サーバーはSmithery経由または手動でインストール可能で、stdioとTCPトランスポートの両方をサポートしています。文献エクスポート、エンティティ検索、関係マイニング、バッチ処理のためのAPIエンドポイントを提供します。
用途
このMCPは、医療・生命科学分野におけるAIアシスタント向けの文献マイニング、エンティティ関係分析、知識グラフ構築など、生物医学研究の自動化を実現します。
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the PubTator-MCP-Server MCP server?
PubTator-MCP-Server is a Model Context Protocol server from JackKuo666. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect PubTator-MCP-Server to my AI client?
Add PubTator-MCP-Server to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does PubTator-MCP-Server provide?
PubTator-MCP-Server provides 5 tools: export_publications, find_entity_id, find_related_entities, search_pubtator and batch_export_from_search.
Is PubTator-MCP-Server free to use?
PubTator-MCP-Server is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
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