alphafold

Boltzは、Boltz-1/Boltz-2モデルを使用したオープンソースの生体分子構造予測を提供し、AlphaFold2の代替として機能します。タンパク質複合体の予測、設計されたバインダーの検証、タンパク質-リガンド相互作用の処理に特化しています。このスキルは、オープンソースの構造予測が必要な場合や、ローカルのGPUリソースを活用したい場合に特に有用です。

BindCraftは、バックボーンと配列の共同最適化および組み込みAlphaFold2検証を備えた、エンドツーエンドのタンパク質バインダー設計を提供します。設計品質と計算コストのバランスを取るための様々な速度プロトコルを備えており、本番品質のバインダー開発キャンペーンに最適です。単なるバックボーン生成ではなく、バインダー設計において高い実験的成功率が必要な場合に、このスキルをご利用ください。

BoltzGenは、バックボーンとサイドチェーンの座標を同時に生成する全原子拡散モデルであり、タンパク質設計に用いられます。特に、精密な結合幾何構造が要求される小分子やリガンド周辺のタンパク質設計に適しています。このスキルは、初期段階からサイドチェーンを考慮した設計が必要であり、YAMLベースの設定で作業する場合に使用してください。

アルファフォールドスキルは、AlphaFold2を使用してタンパク質設計を検証し、構造予測とpLDDTやpTMなどの信頼性指標の計算を行います。AlphaFold-Multimerによる多鎖複合体予測をサポートし、バインダーとターゲットの相互作用の検証や設計の自己整合性確認に利用できます。より高速な単鎖予測が必要な開発者は、代わりにesmスキルの使用を推奨します。