配置 putior MCP 伺服器

設 putior MCP 伺服器令 AI 助手（Claude Code、Claude Desktop）可直呼工作流註釋與圖表生成之工具。

適用時機

• 令 AI 助手互動式註釋並視覺化工作流
• 設新開發環境含 putior MCP 整合
• 裝 putior 後欲 AI 輔助工作流文件
• 為自動化管線配代理間通訊 via ACP

輸入

• 必要：putior 已裝（見 install-putior）
• 必要：目標客戶端：Claude Code、Claude Desktop、或兩者
• 選擇性：是否亦配 ACP 伺服器（預設：否）
• 選擇性：ACP 伺服器之自訂主機/port（預設：localhost:8080）

步驟

步驟一：裝 MCP 依賴

裝 MCP 伺服器功能所需之包。

# Required: MCP framework
remotes::install_github("posit-dev/mcptools")

# Required: Tool definition framework
install.packages("ellmer")

# Verify both load
library(mcptools)
library(ellmer)

預期： 兩包裝且載入無誤。

失敗時： mcptools 需 remotes 包。先裝：install.packages("remotes")。GitHub 限速則於 ~/.Renviron 配 GITHUB_PAT（加行 GITHUB_PAT=your_token_here 並重啟 R）。勿將令牌貼於 shell 命令或提至版本控制。

步驟二：配 Claude Code（WSL/Linux/macOS）

加 putior MCP 伺服器至 Claude Code 之配置。

# One-line setup
claude mcp add putior -- Rscript -e "putior::putior_mcp_server()"

WSL 用 Windows R：

claude mcp add putior -- "/mnt/c/Program Files/R/R-4.5.2/bin/Rscript.exe" -e "putior::putior_mcp_server()"

驗配置：

claude mcp list
claude mcp get putior

預期： putior 見於 MCP 伺服器列，態為「configured」。

失敗時： 若 Claude Code 不於 PATH，加之：export PATH="$HOME/.claude/local/node_modules/.bin:$PATH"。若 Rscript 路徑錯，以 which Rscript 或 ls "/mnt/c/Program Files/R/" 尋 R。

步驟三：配 Claude Desktop（Windows）

加 putior 於 Claude Desktop 之 MCP 配置檔。

編 %APPDATA%\Claude\claude_desktop_config.json：

{
  "mcpServers": {
    "putior": {
      "command": "C:\\PROGRA~1\\R\\R-45~1.0\\bin\\x64\\Rscript.exe",
      "args": ["-e", "putior::putior_mcp_server()"]
    }
  }
}

或以全路徑：

{
  "mcpServers": {
    "putior": {
      "command": "C:\\Program Files\\R\\R-4.5.2\\bin\\x64\\Rscript.exe",
      "args": ["-e", "putior::putior_mcp_server()"]
    }
  }
}

編配置後重啟 Claude Desktop。

預期： Claude Desktop 於其 MCP 伺服器列顯 putior。對話中工具可用。

失敗時： 以 JSON linter 驗語法。查 R 路徑存。若路徑空格致問題，用 8.3 短名（PROGRA~1、R-45~1.0）。

步驟四：驗全 16 工具

測所有 MCP 工具可達且可用。

# Get tool definitions
tools <- putior::putior_mcp_tools()
cat(sprintf("Total tools: %d\n", length(tools)))

# List tool names
vapply(tools, function(t) t$name, character(1))

16 工具依類：

核心工作流（5）：

• put — 掃檔尋 PUT 註（支 exclude 參數以正則過濾檔）
• put_diagram — 生 Mermaid 圖表
• put_auto — 自代碼自動偵工作流（支 exclude 參數）
• put_generate — 生註建議（支 exclude 參數）
• put_merge — 合手動+自動註（支 exclude 參數）

參考/發現（7）：

• get_comment_prefix — 取副檔之註前綴
• get_supported_extensions — 列支援副檔
• list_supported_languages — 列支援語言
• get_detection_patterns — 取自動偵模式
• get_diagram_themes — 列可用主題
• putior_guide — AI 助手文件
• putior_help — 速參之助

工具（3）：

• is_valid_put_annotation — 驗註語法
• split_file_list — 解檔清單
• ext_to_language — 副檔至語言名

配置（1）：

• set_putior_log_level — 配記錄詳度

要：自訂調色盤不能經 MCP 用。 put_diagram 之 palette 參數收 put_theme() 建之 putior_theme R 物件。MCP 以 JSON 通訊，putior_theme 等 R 物件不能跨 MCP 邊界序列化。經 MCP 呼 put_diagram 時改用字串式之 theme 參數（如 theme = "viridis"）。自訂調色盤則於 R 會話中直呼 put_theme() 與 put_diagram(palette = ...)。

自 Claude Code 測核心工具：

Use the putior_help tool to see available commands
Use the put tool to scan ./R/ for annotations
Use the put_diagram tool to generate a diagram

預期： 全 16 工具列。以有效輸入呼核心工具返預期結果。

失敗時： 若工具缺，查 putior 版本：packageVersion("putior")。舊版或工具更少。以 remotes::install_github("pjt222/putior") 更。

步驟五：配 ACP 伺服器（選擇性）

設 ACP（Agent Communication Protocol）伺服器以代理間通訊。

# Install ACP dependency
install.packages("plumber2")

# Start ACP server (blocks — run in a separate R session or background)
putior::putior_acp_server()

# Custom host/port
putior::putior_acp_server(host = "0.0.0.0", port = 9000)

測 ACP 端點：

# Discover agent
curl http://localhost:8080/agents

# Execute a scan
curl -X POST http://localhost:8080/runs \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"input": [{"role": "user", "parts": [{"content": "scan ./R/"}]}]}'

# Generate diagram
curl -X POST http://localhost:8080/runs \
  -H "Content-Type: application/json" \
  -d '{"input": [{"role": "user", "parts": [{"content": "generate diagram for ./R/"}]}]}'

預期： ACP 伺服器於已配 port 啟。/agents 返 putior 代理清單。/runs 收自然語請求並返工作流結果。

失敗時： 若 port 8080 已用，指不同 port。若 plumber2 未裝，伺服器函數印建議裝之助錯。

驗證

• putior::putior_mcp_tools() 暴露核心工具（put、put_diagram、put_auto、put_generate、put_merge）且返當前版本之約 16 工具
• Claude Code：claude mcp list 顯 putior 已配
• Claude Code：putior_help 工具呼時返助文
• Claude Desktop：重啟後 putior 見於 MCP 伺服器列
• 核心工具（put、put_diagram、put_auto）行而無誤
• （選擇性）ACP 伺服器回應 curl http://localhost:8080/agents

常見陷阱

• mcptools 未裝：MCP 伺服器需 mcptools（自 GitHub）與 ellmer（自 CRAN）。兩者皆須裝。putior 查之並於缺時供助訊
• Claude Desktop 中 R 路徑誤：JSON 中 Windows 路徑需跳脫（\\）。用 8.3 短名以免空格：C:\\PROGRA~1\\R\\R-45~1.0\\bin\\x64\\Rscript.exe
• 忘重啟：編配置後 Claude Desktop 須重啟。Claude Code 下次會話啟時取變
• renv 隔離：若 putior 裝於 renv 庫而 Claude Code/Desktop 啟 R 無 renv，則包不被找到。確 mcptools 與 ellmer 裝於全域庫或於 MCP 伺服器命令中配 renv 啟用
• ACP port 衝突：預 ACP port（8080）常用。啟前以 lsof -i :8080 或 netstat -tlnp | grep 8080 查
• 僅含特定工具：暴露工具子集時建自訂 MCP 伺服器包裝用 putior_mcp_tools(include = c("put", "put_diagram"))
• 經 MCP 用自訂調色盤：put_diagram 之 palette 參數需 putior_theme R 物件（由 put_theme() 建），不能跨 MCP 之 JSON 介序列化。MCP 呼用內建 theme 參數字串。自訂調色盤直用 R

相關技能

• install-putior — 前置：putior 與選擇性依賴須裝
• configure-mcp-server — Claude Code/Desktop 之通用 MCP 伺服器配置
• troubleshoot-mcp-connection — 若工具不現則診連接問題
• build-custom-mcp-server — 建包裝 putior 工具之自訂 MCP 伺服器
• analyze-codebase-workflow — 互動式用 MCP 工具行代碼庫分析