alphafold

Boltz는 Boltz-1/Boltz-2 모델을 사용하여 오픈소스 생체분자 구조 예측을 제공하며, AlphaFold2의 대안으로 활용됩니다. 이 기술은 단백질 복합체 예측, 설계된 결합체 검증, 그리고 단백질-리간드 상호작용 처리에 특화되어 있습니다. 이 스킬은 오픈소스 구조 예측이 필요하거나 로컬 GPU 자원을 활용하고자 할 때 특히 유용합니다.

알파폴드 스킬은 AlphaFold2를 활용하여 단백질 구조를 예측하고 신뢰도 지표를 계산함으로써 단백질 설계를 검증합니다. 단일 체인 검증, 결합체-표적 복합체, 그리고 AlphaFold-Multimer를 통한 다중 체인 예측을 지원합니다. 더 빠른 단일 체인 예측을 위해서는 개발자들이 대신 ESM 스킬을 사용해야 합니다.

볼츠젠은 백본과 사이드체인 좌표를 동시에 생성하는 올-아톰 확산 모델로, 단백질 설계를 위한 도구입니다. 이 모델은 정밀한 결합 기하구조가 요구되는 소분자나 리간드 주변의 단백질 설계에 특히 적합합니다. YAML 기반 설정을 사용하며, 처음부터 사이드체인을 고려한 설계가 필요할 때 이 기술을 활용하세요.

BindCraft는 공동 백본 및 서열 최적화와 내장 AlphaFold2 검증을 통해 종단간 단백질 바인더 설계를 제공합니다. 이는 설계 품질과 계산 비용을 균형 있게 조정하는 다양한 속도 프로토콜을 제공하여 프로덕션 품질의 바인더 캠페인에 이상적입니다. 단순한 백본 생성이 아닌 높은 실험적 성공률이 필요한 바인더 설계 시 이 기술을 사용하십시오.