samtools_mcp
SAMtools MCP для обработки геномных файлов. samtools_mcp is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by sirusb. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 8 tools, including view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx, that an agent can call directly. It is categorized under Tool/Docker and Tool/CLI.
Что это за MCP
Данный MCP предоставляет стандартизированный интерфейс для работы с файлами геномных выравниваний SAM/BAM/CRAM, предлагая возможности конвертации форматов, сортировки, индексации и статистического анализа.
Как использовать этот MCP
MCP можно использовать через Docker (рекомендуется) или локальную установку. Он предоставляет Python-методы для стандартных операций, таких какview, sort, index и расчет depth для файлов выравниваний.
Для чего можно использовать этот MCP
Этот MCP позволяет исследователям в области геномики программно обрабатывать файлы выравниваний, включая конвертацию форматов, анализ конкретных регионов, фильтрацию чтений и генерацию комплексной статистики для файлов SAM/BAM/CRAM.
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the samtools_mcp MCP server?
samtools_mcp is a Model Context Protocol server from sirusb. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect samtools_mcp to my AI client?
Add samtools_mcp to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does samtools_mcp provide?
samtools_mcp provides 8 tools: view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx.
Is samtools_mcp free to use?
samtools_mcp is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
Vernclaw Plugins for OpenClaw
Ready-to-use connectors for SEO data, social reading & content generation. Pay-as-you-go credits with audit logs.