ligandmpnn

Boltz предоставляет открытую платформу для предсказания биомолекулярных структур с использованием моделей Boltz-1/Boltz-2, выступая в качестве альтернативы AlphaFold2. Специализируется на предсказании белковых комплексов, валидации дизайнерских связывающих молекул и работе с белково-лигандными взаимодействиями. Этот навык особенно полезен, когда требуется открытое решение для предсказания структур или необходимо задействовать локальные GPU-ресурсы.

Навык alphafold использует AlphaFold2 для валидации белковых дизайнов, предсказывая структуры и рассчитывая метрики достоверности. Он поддерживает валидацию одиночных цепей, комплексы лиганд-мишень и предсказания для множественных цепей с помощью AlphaFold-Multimer. Для более быстрых предсказаний одиночных цепей разработчикам следует использовать навык esm.

BoltzGen — это диффузионная модель на уровне всех атомов для дизайна белков, которая одновременно генерирует координаты как остова, так и боковых цепей. Она особенно подходит для создания белков вокруг малых молекул или лигандов, где требуются точные геометрии связывания. Используйте этот навык, когда вам нужен дизайн с учётом боковых цепей с самого начала и вы работаете с конфигурацией на основе YAML.

BindCraft предоставляет комплексное проектирование белковых связывающих молекул с совместной оптимизацией остова и последовательности, а также встроенной валидацией AlphaFold2. Это решение идеально подходит для производственных кампаний по созданию связывающих молекул, предлагая различные скоростные протоколы для баланса между качеством дизайна и вычислительными затратами. Используйте этот навык, когда вам необходимы высокие показатели экспериментального успеха для проектирования связывающих молекул, а не просто генерация остова.