samtools_mcp

Qu'est-ce que ce MCP

Ce MCP fournit une interface standardisée pour travailler avec des fichiers d'alignement génomique SAM/BAM/CRAM, offrant des capacités de conversion de format, tri, indexation et analyse statistique.

Comment utiliser ce MCP

Le MCP peut être utilisé via Docker (recommandé) ou une installation locale. Il expose des méthodes Python pour des opérations courantes comme view, sort, index et des calculs de depth sur les fichiers d'alignement.

À quoi sert ce MCP

Ce MCP permet aux chercheurs en génomique de traiter programmatiquement des fichiers d'alignement, y compris la conversion de format, l'analyse spécifique à une région, le filtrage des lectures et la génération de statistiques complètes pour les fichiers SAM/BAM/CRAM.