samtools_mcp
SAMtools MCP pour le traitement de fichiers génomiques. samtools_mcp is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by sirusb. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 8 tools, including view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx, that an agent can call directly. It is categorized under Tool/Docker and Tool/CLI.
Qu'est-ce que ce MCP
Ce MCP fournit une interface standardisée pour travailler avec des fichiers d'alignement génomique SAM/BAM/CRAM, offrant des capacités de conversion de format, tri, indexation et analyse statistique.
Comment utiliser ce MCP
Le MCP peut être utilisé via Docker (recommandé) ou une installation locale. Il expose des méthodes Python pour des opérations courantes commeview, sort, index et des calculs de depth sur les fichiers d'alignement.
À quoi sert ce MCP
Ce MCP permet aux chercheurs en génomique de traiter programmatiquement des fichiers d'alignement, y compris la conversion de format, l'analyse spécifique à une région, le filtrage des lectures et la génération de statistiques complètes pour les fichiers SAM/BAM/CRAM.
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the samtools_mcp MCP server?
samtools_mcp is a Model Context Protocol server from sirusb. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect samtools_mcp to my AI client?
Add samtools_mcp to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does samtools_mcp provide?
samtools_mcp provides 8 tools: view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx.
Is samtools_mcp free to use?
samtools_mcp is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
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