工作流圖之生

自 putior 工作流資料生主題 Mermaid 流程圖，並嵌入文檔。

用時

• 已注源檔而可生可視圖
• 工作流變更後重生圖
• 為異眾切換主題或輸出格式
• 嵌工作流圖於 README、Quarto、R Markdown 文檔

入

• 必要：自 put()、put_auto()、或 put_merge() 之工作流資料
• 可選：主題名（默："light"；可選：light、dark、auto、minimal、github、viridis、magma、plasma、cividis）
• 可選：輸出目標：控制台、檔路徑、剪貼板、原串
• 可選：交互功能：show_source_info、enable_clicks

法

第一步：抽工作流資料

自三源之一獲工作流資料。

library(putior)

# From manual annotations
workflow <- put("./src/")

# From manual annotations, excluding specific files
workflow <- put("./src/", exclude = c("build-workflow\\.R$", "test_"))

# From auto-detection only
workflow <- put_auto("./src/")

# From merged (manual + auto)
workflow <- put_merge("./src/", merge_strategy = "supplement")

工作流資料框可含注解之 node_type 列。節點類型控 Mermaid 形狀：

每 node_type 亦得對應 CSS 類（如 class nodeId input;）供主題樣式。

得： 資料框至少一行，含 id、label、可選 input、output、source_file、node_type 列。

敗則： 若資料框空，無注解或模式被察。先行 analyze-codebase-workflow，或以 put("./src/", validate = TRUE) 察注解語法有效。

第二步：擇主題與選項

擇合目標眾之主題。

# List all available themes
get_diagram_themes()

# Standard themes
# "light"   — Default, bright colors
# "dark"    — For dark mode environments
# "auto"    — GitHub-adaptive with solid colors
# "minimal" — Grayscale, print-friendly
# "github"  — Optimized for GitHub README files

# Colorblind-safe themes (viridis family)
# "viridis" — Purple→Blue→Green→Yellow, general accessibility
# "magma"   — Purple→Red→Yellow, high contrast for print
# "plasma"  — Purple→Pink→Orange→Yellow, presentations
# "cividis" — Blue→Gray→Yellow, maximum accessibility (no red-green)

附加參數：

• direction：圖流向——"TD"（上下，默）、"LR"（左右）、"RL"、"BT"
• show_artifacts：TRUE/FALSE——顯成品節（檔、資料）；大工作流或雜亂（如 16+ 額外節）
• show_workflow_boundaries：TRUE/FALSE——將每源檔節包入 Mermaid 子圖
• source_info_style：節上源檔資訊之顯方式（如副題）
• node_labels：節標文字格式

得： 主題名印出。依語境擇一。

敗則： 若主題名不識，put_diagram() 退為 "light"。察拼寫。

第三步：自訂調色板（put_theme()，可選）

若九內建主題不合項目調色板，以 put_theme() 創自訂主題。

# Create custom palette — unspecified types inherit from base theme
cyberpunk <- put_theme(
  base = "dark",
  input    = c(fill = "#1a1a2e", stroke = "#00ff88", color = "#00ff88"),
  process  = c(fill = "#16213e", stroke = "#44ddff", color = "#44ddff"),
  output   = c(fill = "#0f3460", stroke = "#ff3366", color = "#ff3366"),
  decision = c(fill = "#1a1a2e", stroke = "#ffaa33", color = "#ffaa33")
)

# Use the palette parameter (overrides theme when provided)
mermaid_content <- put_diagram(workflow, palette = cyberpunk, output = "raw")
writeLines(mermaid_content, "workflow.mmd")

put_theme() 受 input、process、output、decision、artifact、start、end 節點類型。各取具名向量 c(fill = "#hex", stroke = "#hex", color = "#hex")。未設類型承 base 主題。

得： Mermaid 輸出有自訂 classDef 行。node_type 之節形保留；只色變。所有節類型用 stroke-width:2px——put_theme() 現不支覆寫。

敗則： 若調色板非 putior_theme 類，put_diagram() 拋描述性誤。確傳 put_theme() 之返回值，非原列表。

備援——手動 classDef 替換： 若需超 put_theme() 之細粒（如每類型之線寬），以基礎主題生後手替 classDef 行：

mermaid_content <- put_diagram(workflow, theme = "dark", output = "raw")
lines <- strsplit(mermaid_content, "\n")[[1]]
lines <- lines[!grepl("^\\s*classDef ", lines)]
custom_defs <- c("  classDef input fill:#1a1a2e,stroke:#00ff88,stroke-width:3px,color:#00ff88")
mermaid_content <- paste(c(lines, custom_defs), collapse = "\n")

第四步：生 Mermaid 輸出

依所欲輸出模式製圖。

# Print to console (default)
cat(put_diagram(workflow, theme = "github"))

# Save to file
writeLines(put_diagram(workflow, theme = "github"), "docs/workflow.md")

# Get raw string for embedding
mermaid_code <- put_diagram(workflow, output = "raw", theme = "github")

# With source file info (shows which file each node comes from)
cat(put_diagram(workflow, theme = "github", show_source_info = TRUE))

# With clickable nodes (for VS Code, RStudio, or file:// protocol)
cat(put_diagram(workflow,
  theme = "github",
  enable_clicks = TRUE,
  click_protocol = "vscode"  # or "rstudio", "file"
))

# Full-featured
cat(put_diagram(workflow,
  theme = "viridis",
  show_source_info = TRUE,
  enable_clicks = TRUE,
  click_protocol = "vscode"
))

得： 有效 Mermaid 碼始以 flowchart TD（或依向之 LR）。節以箭連示資料流。

敗則： 若輸出為 flowchart TD 無節，工作流資料框空。若連接缺，察節間輸出檔名合輸入檔名。

第五步：嵌目標文檔

將圖插入合適文檔格式。

GitHub README（```mermaid 碼柵）：

## Workflow

```mermaid
flowchart TD
  A["Extract Data"] --> B["Transform"]
  B --> C["Load"]
```

Quarto 文檔（以 knit_child 之原生 mermaid 塊）：

# Chunk 1: Generate code (visible, foldable)
workflow <- put("./src/")
mermaid_code <- put_diagram(workflow, output = "raw", theme = "github")

# Chunk 2: Output as native mermaid chunk (hidden)
#| output: asis
#| echo: false
mermaid_chunk <- paste0("```{mermaid}\n", mermaid_code, "\n```")
cat(knitr::knit_child(text = mermaid_chunk, quiet = TRUE))

R Markdown（mermaid.js CDN 或 DiagrammeR）：

DiagrammeR::mermaid(put_diagram(workflow, output = "raw"))

得： 圖於目標格式正渲染。GitHub 原生渲染 mermaid 碼柵。

敗則： 若 GitHub 不渲染圖，確碼柵恰用 ```mermaid（無額外屬性）。Quarto 者須用 knit_child() 法，蓋 {mermaid} 塊不支 R 變數直接插值。

驗

• put_diagram() 生有效 Mermaid 碼（始以 flowchart）
• 所有預期節現於圖
• 連節間資料流連接（箭）存
• 所擇主題已施（察輸出 init 塊之主題特定色）
• 圖於目標格式（GitHub、Quarto 等）正渲染

陷

• 空圖：常示 put() 返無行。察注解存且語法有效
• 所有節不連：輸出檔名須恰合輸入檔名（含副檔名）方使 putior 繪連接。data.csv 與 Data.csv 異
• GitHub 不見主題：GitHub 之 mermaid 渲染主題支有限。"github" 主題專為 GitHub 渲染設。%%{init:...}%% 主題塊或被某渲染忽
• Quarto mermaid 變數插值：Quarto 之 {mermaid} 塊不直支 R 變數。用第五步所述 knit_child() 法
• 可點節不作用：點指令需支 Mermaid 交互事件之渲染器。GitHub 靜渲染不支點。用本地 Mermaid 渲染器或 putior Shiny 沙盒
• 自參元管線檔：掃含生此圖之建腳本之目錄致子圖 ID 重與 Mermaid 誤。掃時以 exclude 參略之：

  workflow <- put("./src/", exclude = c("build-workflow\\.R$", "build-workflow\\.js$"))
  

• show_artifacts = TRUE 過雜：大項目或生多成品節（10-20+），亂圖。用 show_artifacts = FALSE 並賴 node_type 注解顯標要入/出

參

• annotate-source-files — 前提：生圖前檔須注解
• analyze-codebase-workflow — 自動察可補手注
• setup-putior-ci — 於 CI/CD 自動重生圖
• create-quarto-report — 於 Quarto 報告嵌圖
• build-pkgdown-site — 於 pkgdown 文檔站嵌圖