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ginkgo-cloud-lab

K-Dense-AI
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Métaautomation

À propos

Cette compétence Claude permet aux développeurs de soumettre et de gérer des protocoles biologiques sur le Cloud Lab de Ginkgo Bioworks pour une exécution automatisée en laboratoire. Elle prend en charge des workflows spécifiques tels que l'expression protéique sans cellules et la génération d'art en pixels fluorescents, en gérant la sélection des protocoles, la préparation des intrants et la commande. Utilisez-la lors de la création d'intégrations nécessitant un accès distant à l'infrastructure et aux services de laboratoire automatisés de Ginkgo.

Installation rapide

Claude Code

Recommandé
Principal
npx skills add K-Dense-AI/claude-scientific-skills -a claude-code
Commande PluginAlternatif
/plugin add https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills
Git CloneAlternatif
git clone https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills.git ~/.claude/skills/ginkgo-cloud-lab

Copiez et collez cette commande dans Claude Code pour installer cette compétence

Documentation

Ginkgo Cloud Lab

Overview

Ginkgo Cloud Lab (https://cloud.ginkgo.bio) provides remote access to Ginkgo Bioworks' autonomous lab infrastructure. Protocols are executed on Reconfigurable Automation Carts (RACs) -- modular units with robotic arms, maglev sample transport, and industrial-grade software spanning 70+ instruments.

The platform also includes EstiMate, an AI agent that accepts human-language protocol descriptions and returns feasibility assessments and pricing for custom workflows beyond the listed protocols.

Available Protocols

1. Cell Free Protein Expression Validation

Rapid go/no-go expression screening using reconstituted E. coli CFPS. Submit a FASTA sequence (up to 1800 bp) and receive expression confirmation, baseline titer (mg/L), and initial purity with virtual gel images.

2. Cell Free Protein Expression Optimization

DoE-based optimization across up to 24 conditions per protein (lysates, temperatures, chaperones, disulfide enhancers, cofactors). Designed for difficult-to-express and membrane proteins.

3. Fluorescent Pixel Art Generation

Transform a pixel art image (48x48 to 96x96 px, PNG/SVG) into fluorescent bacterial artwork using up to 11 E. coli strains via acoustic dispensing. Delivered as high-res UV photographs.

General Ordering Workflow

  1. Select a protocol at https://cloud.ginkgo.bio/protocols
  2. Configure parameters (number of samples/proteins, replicates, plates)
  3. Upload input files (FASTA for protein protocols, PNG/SVG for pixel art)
  4. Add any special requirements in the Additional Details field
  5. Submit and receive a feasibility report and price quote

For protocols not listed above, use the EstiMate chat to describe a custom protocol in plain language and receive compatibility assessment and pricing.

Authentication

Access Ginkgo Cloud Lab at https://cloud.ginkgo.bio. Account creation or institutional access may be required. Contact Ginkgo at [email protected] for access questions.

Key Infrastructure

  • RACs (Reconfigurable Automation Carts): Modular robotic units with high-precision arms and maglev transport
  • Catalyst Software: Protocol orchestration, scheduling, parameterization, and real-time monitoring
  • 70+ integrated instruments: Sample prep, liquid handling, analytical readouts, storage, incubation
  • Nebula: Ginkgo's autonomous lab facility in Boston, MA

Dépôt GitHub

K-Dense-AI/claude-scientific-skills
Chemin: skills/ginkgo-cloud-lab
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