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bio-ecological-genomics-edna-metabarcoding

GPTomics
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À propos

Cette compétence traite les données de métabarcodage d'ADN environnemental, transformant les lectures brutes d'amplicons en tableaux d'occurrence d'espèces en utilisant OBITools3 et DADA2 pour la suppression des amorces, le débruitage et la détection des chimères. Elle prend en charge plusieurs régions de code-barres (COI, 12S, rbcL, ITS) et bases de données taxonomiques, et inclut le filtrage des contaminations ainsi que la modélisation de l'occupation pour la correction des probabilités de détection. Utilisez-la pour la surveillance de la biodiversité via l'ADNe provenant d'échantillons d'eau, de sol ou d'échantillons en vrac, mais pas pour l'analyse du microbiome humain 16S.

Installation rapide

Claude Code

Recommandé
Principal
npx skills add GPTomics/bioSkills -a claude-code
Commande PluginAlternatif
/plugin add https://github.com/GPTomics/bioSkills
Git CloneAlternatif
git clone https://github.com/GPTomics/bioSkills.git ~/.claude/skills/bio-ecological-genomics-edna-metabarcoding

Copiez et collez cette commande dans Claude Code pour installer cette compétence

Dépôt GitHub

GPTomics/bioSkills
Chemin: ecological-genomics/edna-metabarcoding
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