bio-ecological-genomics-edna-metabarcoding
À propos
Cette compétence traite les données de métabarcodage d'ADN environnemental, transformant les lectures brutes d'amplicons en tableaux d'occurrence d'espèces en utilisant OBITools3 et DADA2 pour la suppression des amorces, le débruitage et la détection des chimères. Elle prend en charge plusieurs régions de code-barres (COI, 12S, rbcL, ITS) et bases de données taxonomiques, et inclut le filtrage des contaminations ainsi que la modélisation de l'occupation pour la correction des probabilités de détection. Utilisez-la pour la surveillance de la biodiversité via l'ADNe provenant d'échantillons d'eau, de sol ou d'échantillons en vrac, mais pas pour l'analyse du microbiome humain 16S.
Installation rapide
Claude Code
Recommandénpx skills add GPTomics/bioSkills -a claude-code/plugin add https://github.com/GPTomics/bioSkillsgit clone https://github.com/GPTomics/bioSkills.git ~/.claude/skills/bio-ecological-genomics-edna-metabarcodingCopiez et collez cette commande dans Claude Code pour installer cette compétence
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qmd
Développementqmd est un outil CLI de recherche et d'indexation locale qui permet aux développeurs d'indexer et de rechercher dans des fichiers locaux en utilisant une recherche hybride combinant BM25, des embeddings vectoriels et du reranking. Il prend en charge à la fois une utilisation en ligne de commande et un mode MCP (Model Context Protocol) pour l'intégration avec Claude. L'outil utilise Ollama pour les embeddings et stocke les index localement, ce qui le rend idéal pour rechercher dans de la documentation ou des bases de code directement depuis le terminal.
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