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SKILL·62A410

md-analysis-planner

HeshamFS
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À propos

Cette compétence Claude aide les développeurs à planifier le post-traitement de dynamique moléculaire en recommandant des analyses appropriées comme le RDF, le MSD et les calculs contrainte-déformation. Elle guide le choix des formats de trajectoire et les prérequis avant d'écrire les scripts d'analyse. Utilisez-la pour garantir des résultats fiables à partir de simulations de matériaux.

Installation rapide

Claude Code

Recommandé
Principal
npx skills add HeshamFS/materials-simulation-skills -a claude-code
Commande PluginAlternatif
/plugin add https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills
Git CloneAlternatif
git clone https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills.git ~/.claude/skills/md-analysis-planner

Copiez et collez cette commande dans Claude Code pour installer cette compétence

Documentation

MD Analysis Planner

Goal

Choose the right MD trajectory analyses and prerequisites before writing post-processing code.

Requirements

  • Python 3.10+
  • No external dependencies
  • Works on Linux, macOS, and Windows

Inputs to Gather

InputDescriptionExample
SystemMaterial or molecular systemoxide glass, liquid water
GoalsAnalysis goalsrdf,diffusion,coordination
Trajectory formatDump, DCD, XYZ, H5MD, etc.LAMMPS dump
VelocitiesWhether velocities are storedtrue
StressWhether stress/virial is storedtrue
Unwrap neededWhether atoms cross PBCtrue
Timestepfs per saved frame10

Decision Guidance

  • Use RDF and coordination for local structure.
  • Use MSD for diffusion, but unwrap trajectories and verify diffusive regime.
  • Use VACF/VDOS only when velocities or reliable finite-difference velocities exist.
  • Use stress-strain only if stress/virial and deformation history are available.
  • Always perform equilibration checks before fitting transport or thermodynamic properties.

Script Outputs

scripts/md_analysis_planner.py emits:

  • analysis_plan
  • required_data
  • equilibration_checks
  • pbc_handling
  • warnings

Workflow

python3 skills/simulation-workflow/md-analysis-planner/scripts/md_analysis_planner.py \
  --system "oxide glass" \
  --goals rdf,coordination,bond-angle \
  --trajectory-format dump \
  --unwrap-needed \
  --timestep-fs 10 \
  --json

Error Handling

If velocities, stress, or timestep information is missing, downgrade dependent analyses and report warnings.

Limitations

This skill plans analysis and prerequisites; it does not parse large trajectories directly.

Security

  • Inputs are scalar CLI values and booleans only.
  • The script does not read trajectory files or execute external analysis programs.
  • The skill uses Bash only to run the bundled script.

References

  • See references/md_analysis_checks.md for analysis prerequisites and failure modes.

Version History

  • 1.0.0: Initial MD analysis planning skill.

Dépôt GitHub

HeshamFS/materials-simulation-skills
Chemin: skills/simulation-workflow/md-analysis-planner
0
agent-skillsagentscli-toolscomputational-sciencellmmaterials-science
FAQ

Frequently asked questions

What is the md-analysis-planner skill?

md-analysis-planner is a Claude Skill by HeshamFS. Skills package instructions and resources that Claude loads on demand, so Claude can perform md-analysis-planner-related tasks without extra prompting.

How do I install md-analysis-planner?

Use the install commands on this page: add md-analysis-planner to Claude Code as a plugin, or clone its repository into your skills directory, then restart Claude so it picks up the skill.

What category does md-analysis-planner belong to?

md-analysis-planner is in the Design category, tagged ai and design.

Is md-analysis-planner free to use?

Yes. md-analysis-planner is listed on AIMCP and free to install. It runs inside Claude, so no separate service account is required to use the skill itself.

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