md-analysis-planner
À propos
Cette compétence Claude aide les développeurs à planifier le post-traitement de dynamique moléculaire en recommandant des analyses appropriées comme le RDF, le MSD et les calculs contrainte-déformation. Elle guide le choix des formats de trajectoire et les prérequis avant d'écrire les scripts d'analyse. Utilisez-la pour garantir des résultats fiables à partir de simulations de matériaux.
Installation rapide
Claude Code
Recommandénpx skills add HeshamFS/materials-simulation-skills -a claude-code/plugin add https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skillsgit clone https://github.com/HeshamFS/materials-simulation-skills.git ~/.claude/skills/md-analysis-plannerCopiez et collez cette commande dans Claude Code pour installer cette compétence
Documentation
MD Analysis Planner
Goal
Choose the right MD trajectory analyses and prerequisites before writing post-processing code.
Requirements
- Python 3.10+
- No external dependencies
- Works on Linux, macOS, and Windows
Inputs to Gather
| Input | Description | Example |
|---|---|---|
| System | Material or molecular system | oxide glass, liquid water |
| Goals | Analysis goals | rdf,diffusion,coordination |
| Trajectory format | Dump, DCD, XYZ, H5MD, etc. | LAMMPS dump |
| Velocities | Whether velocities are stored | true |
| Stress | Whether stress/virial is stored | true |
| Unwrap needed | Whether atoms cross PBC | true |
| Timestep | fs per saved frame | 10 |
Decision Guidance
- Use RDF and coordination for local structure.
- Use MSD for diffusion, but unwrap trajectories and verify diffusive regime.
- Use VACF/VDOS only when velocities or reliable finite-difference velocities exist.
- Use stress-strain only if stress/virial and deformation history are available.
- Always perform equilibration checks before fitting transport or thermodynamic properties.
Script Outputs
scripts/md_analysis_planner.py emits:
analysis_planrequired_dataequilibration_checkspbc_handlingwarnings
Workflow
python3 skills/simulation-workflow/md-analysis-planner/scripts/md_analysis_planner.py \
--system "oxide glass" \
--goals rdf,coordination,bond-angle \
--trajectory-format dump \
--unwrap-needed \
--timestep-fs 10 \
--json
Error Handling
If velocities, stress, or timestep information is missing, downgrade dependent analyses and report warnings.
Limitations
This skill plans analysis and prerequisites; it does not parse large trajectories directly.
Security
- Inputs are scalar CLI values and booleans only.
- The script does not read trajectory files or execute external analysis programs.
- The skill uses
Bashonly to run the bundled script.
References
- See
references/md_analysis_checks.mdfor analysis prerequisites and failure modes.
Version History
- 1.0.0: Initial MD analysis planning skill.
Dépôt GitHub
Questions fréquentes
Qu’est-ce que le Skill md-analysis-planner ?
md-analysis-planner est un Skill Claude créé par HeshamFS. Un Skill regroupe des instructions et des ressources que Claude charge à la demande pour effectuer des tâches liées à md-analysis-planner sans consigne supplémentaire.
Comment installer md-analysis-planner ?
Utilisez les commandes d’installation de cette page : ajoutez md-analysis-planner à Claude Code comme plugin ou clonez son dépôt dans votre dossier skills, puis redémarrez Claude pour charger le Skill.
À quelle catégorie appartient md-analysis-planner ?
md-analysis-planner appartient à la catégorie Design.
md-analysis-planner est-il gratuit ?
Oui. md-analysis-planner est référencé sur AIMCP et son installation est gratuite.
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