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manage-renv-dependencies

pjt222
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À propos

Cette compétence gère les dépendances des packages R en utilisant renv pour créer des environnements reproductibles. Elle prend en charge l'initialisation, les workflows de capture/restauration, le dépannage et l'intégration CI/CD. Utilisez-la lors de la configuration de la gestion des dépendances, de la restauration d'environnements sur de nouvelles machines, ou de la résolution de conflits de packages.

Installation rapide

Claude Code

Recommandé
Principal
npx skills add pjt222/agent-almanac -a claude-code
Commande PluginAlternatif
/plugin add https://github.com/pjt222/agent-almanac
Git CloneAlternatif
git clone https://github.com/pjt222/agent-almanac.git ~/.claude/skills/manage-renv-dependencies

Copiez et collez cette commande dans Claude Code pour installer cette compétence

Documentation

管 renv 依

以 renv 設並維可重 R 包環境。

  • 啟新 R 項依管
  • 加或更包依
  • 新機上恢項環
  • 調 renv 恢敗
  • 合 renv 與 CI/CD

  • :R 項目
  • :現 renv.lock(恢用)
  • :私包之 GitHub PAT

一:啟 renv

renv::init()

此造:

  • renv/ 目(庫、設、啟腳本)
  • renv.lock(依快照)
  • .Rprofile 載時啟 renv

得:項本地庫造。renv/ 目與 renv.lock 在。.Rprofile 更附啟腳本。

敗:掛→查網連。特包敗→先手動 install.packages() 裝後重運 renv::init()

二:加依

常裝包:

install.packages("dplyr")
renv::install("github-user/private-pkg")

後快照記態:

renv::snapshot()

得:renv.lock 更附新包與版。renv::status() 示無失同包。

敗:renv::snapshot() 報驗誤→運 renv::dependencies() 察哪包實用,後 renv::snapshot(force = TRUE) 繞驗。

三:他機恢

renv::restore()

得:諸包裝於 renv.lock 之確版。

敗:常問題:GitHub 包敗(於 .RenvironGITHUB_PAT);缺系統依(Linux 以 apt-get 裝);大包超時(恢前設 options(timeout = 600));無二進(renv 由源編;確備工具裝)。

四:更依

# Update a specific package
renv::update("dplyr")

# Update all packages
renv::update()

# Snapshot after updates
renv::snapshot()

得:目包更至新兼容版。renv.lock 快照後反新版。

敗:renv::update() 為特包敗→試以 renv::install("package@version") 直裝後快照。

五:查態

renv::status()

得:「No issues found」或失同包之明列附可行指。

敗:態報用而未記之包→運 renv::snapshot()。已記而未裝之包→運 renv::restore()

六:配 .Rprofile 為條件啟

if (file.exists("renv/activate.R")) {
  source("renv/activate.R")
}

此確即 renv 未裝(CI 環、協作者)項亦行。

得:R 會話於項目中啟時自啟 renv。無 renv 之會話仍無誤啟。

敗:.Rprofile 致誤→確 file.exists() 守存。永勿無條件呼 source("renv/activate.R")

七:Git 配

追此文件:

renv.lock           # Always commit
renv/activate.R     # Always commit
renv/settings.json  # Always commit
.Rprofile           # Commit (contains renv activation)

忽此(已於 renv 之 .gitignore):

renv/library/       # Machine-specific
renv/staging/       # Temporary
renv/cache/         # Machine-specific cache

得:renv.lockrenv/activate.Rrenv/settings.json 由 Git 追。機特目(renv/library/renv/cache/)忽。

敗:renv/library/ 誤提→以 git rm -r --cached renv/library/ 除並加 .gitignore

八:CI/CD 合

GitHub Actions 用 renv 緩動:

- uses: r-lib/actions/setup-renv@v2

此自由 renv.lock 附緩恢。

得:CI 管線由 renv.lock 恢包附緩啟。後運因緩包更速。

敗:CI 恢敗→查 renv.lock 提且新。私 GitHub 包→確 GITHUB_PAT 設為庫秘。

  • renv::status() 報無問題
  • renv.lock 提於版控
  • renv::restore() 於淨檢出上行
  • .Rprofile 條件啟 renv
  • CI/CD 用 renv.lock 為依解

  • 於誤目運 renv::init():必先驗 getwd()
  • 混 renv 與系統庫renv::init() 後僅用項庫
  • 忘快照:裝包後必運 renv::snapshot()
  • --vanillaRscript --vanilla.Rprofile → renv 不啟
  • 大鎖文件於 diff:常——renv.lock 設為可 diff JSON
  • Bioconductor 包:用 renv::install("bioc::PackageName") 並確 BiocManager 配

  • create-r-package - 含 renv 啟
  • setup-github-actions-ci - 與 renv 之 CI 合
  • submit-to-cran - CRAN 包之依管

Dépôt GitHub

pjt222/agent-almanac
Chemin: i18n/wenyan-ultra/skills/manage-renv-dependencies
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agentsagentskillsai-assisted-developmentclaude-codeskillsteams

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