samtools_mcp
ゲノムファイル処理のためのSAMtools MCP. samtools_mcp is a Model Context Protocol (MCP) server maintained by sirusb. It connects to MCP-compatible clients such as Claude Desktop, Cursor, Cline, and other agents that speak the protocol. It exposes 8 tools, including view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx, that an agent can call directly. It is categorized under Tool/Docker and Tool/CLI.
このMCPについて
このMCPは、SAM/BAM/CRAMゲノムアラインメントファイルを扱うための標準化されたインターフェースを提供し、フォーマット変換、ソート、インデックス作成、統計分析の機能を備えています。
使用方法
このMCPはDocker経由（推奨）またはローカルインストールで使用できます。アラインメントファイルに対するview、sort、index、depth計算などの一般的な操作のためのPythonメソッドを公開しています。
用途
このMCPにより、ゲノム研究者はプログラムでアラインメントファイルを処理できます。具体的には、フォーマット変換、特定領域の分析、リードフィルタリング、SAM/BAM/CRAMファイルの包括的な統計生成などが可能です。
AIMCP authority
DR and traffic signal for the AIMCP public domain.
Frequently asked questions
What is the samtools_mcp MCP server?
samtools_mcp is a Model Context Protocol server from sirusb. It lets MCP-compatible AI clients call its tools over a standard interface, so agents like Claude, Cursor, and Cline can use it without custom integration.
How do I connect samtools_mcp to my AI client?
Add samtools_mcp to your client's MCP configuration using the stdio or SSE connection shown in the usage examples on this page, then restart the client to load the server.
What tools does samtools_mcp provide?
samtools_mcp provides 8 tools: view, sort, index, merge, depth, flagstat, idxstats and faidx.
Is samtools_mcp free to use?
samtools_mcp is listed on AIMCP for free. Any API keys or accounts required by the underlying service are set by its provider.
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