boltzgen
关于
BoltzGen is an all-atom diffusion model for protein design that generates both backbone and side-chain coordinates simultaneously. It is particularly suited for designing proteins around small molecules or ligands where precise binding geometries are required. Use this skill when you need side-chain-aware design from the start and are working with a YAML-based configuration.
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Claude Code
推荐npx skills add majiayu000/claude-skill-registry -a claude-code/plugin add https://github.com/majiayu000/claude-skill-registrygit clone https://github.com/majiayu000/claude-skill-registry.git ~/.claude/skills/boltzgen在 Claude Code 中复制并粘贴此命令以安装该技能
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boltz
其他Boltz是一个开源的生物分子结构预测工具，用于预测蛋白质复合物和蛋白质-配体复合物的三维结构。它特别适合作为AlphaFold2的开源替代方案，可用于验证设计的结合剂，并能利用本地GPU资源进行计算。开发者可在需要结构预测但希望使用开源工具时调用此技能。
alphafold
其他AlphaFold技能使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测验证，适用于设计序列折叠验证、结合物-靶标复合物结构预测以及多链复合物预测等场景。它能计算pLDDT、pTM和ipTM等关键置信度指标，支持设计自洽性验证。对于更快的单链预测建议使用esm技能，质量控制阈值可参考protein-qc技能。
bindcraft
其他BindCraft是一个端到端的蛋白质结合剂设计工具，通过联合骨架和序列优化生成结合剂。它内置了AF2验证功能，提供快、中、慢三种设计协议，适用于生产级设计任务并追求高实验成功率。当需要完整设计流程时使用此工具，而仅需骨架生成时可选用rfdiffusion。
alphafold
其他AlphaFold技能使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测，主要用于验证设计的蛋白质序列能否正确折叠，并预测多链复合物结构。它能计算pLDDT、pTM等关键置信度指标，支持自洽性验证和结合物-靶标复合物预测。对于单链预测，建议使用更快的esm技能；质量评估则推荐protein-qc技能。