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Boltz是一个开源的生物分子结构预测工具，用于预测蛋白质复合物和蛋白质-配体复合物的三维结构。它特别适合作为AlphaFold2的开源替代方案，可用于验证设计的结合剂，并能利用本地GPU资源进行计算。开发者可在需要结构预测但希望使用开源工具时调用此技能。

AlphaFold技能使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测验证，适用于设计序列折叠验证、结合物-靶标复合物结构预测以及多链复合物预测等场景。它能计算pLDDT、pTM和ipTM等关键置信度指标，支持设计自洽性验证。对于更快的单链预测建议使用esm技能，质量控制阈值可参考protein-qc技能。

BoltzGen是一个用于全原子蛋白质设计的扩散模型技能，特别适用于需要从一开始就考虑侧链的设计任务。它在设计结合小分子或配体的蛋白质、要求精确结合几何构型时表现出色，支持基于YAML的配置。当需要纯骨架生成或序列设计时，建议分别使用rfdiffusion和proteinmpnn技能。

BindCraft是一个端到端的蛋白质结合剂设计工具，通过联合骨架和序列优化生成结合剂。它内置了AF2验证功能，提供快、中、慢三种设计协议，适用于生产级设计任务并追求高实验成功率。当需要完整设计流程时使用此工具，而仅需骨架生成时可选用rfdiffusion。