setup-github-actions-ci

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This skill sets up GitHub Actions CI/CD for R packages using r-lib/actions workflows. It configures multi-platform R CMD checks, test coverage reporting, and optional pkgdown site deployment. Use it when creating new R package CI/CD or adding these features to existing repositories.

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Claude Code

技能文档

name: setup-github-actions-ci description: > RパッケージのGitHub Actions CI/CDを設定する。複数プラットフォームでのR CMD check、テストカバレッジレポート、pkgdownサイトのデプロイを含む。標準ワークフローに r-lib/actionsを使用。新規RパッケージのCI/CD設定、既存パッケージへのマルチプラットフォームテスト追加、pkgdownサイトの自動デプロイ設定、またはリポジトリへのコードカバレッジレポート追加時に使用する。 locale: ja source_locale: en source_commit: 6f65f316 translator: claude-opus-4-6 translation_date: 2026-03-16 license: MIT allowed-tools: Read Write Edit Bash Grep Glob metadata: author: Philipp Thoss version: "1.0" domain: r-packages complexity: intermediate language: R tags: r, github-actions, ci-cd, testing, automation

RパッケージのGitHub Actions CI設定

GitHub Actionsを介した自動R CMD check、テストカバレッジ、ドキュメントデプロイを設定する。

使用タイミング

GitHubのRパッケージにCI/CDを設定する時
既存パッケージにマルチプラットフォームテストを追加する時
pkgdownサイトの自動デプロイを設定する時
コードカバレッジレポートを追加する時

入力

必須: 有効なDESCRIPTIONとテストを持つRパッケージ
必須: GitHubリポジトリ（パブリックまたはプライベート）
任意: pkgdownデプロイを含めるかどうか（デフォルト：いいえ）
任意: カバレッジレポートを含めるかどうか（デフォルト：いいえ）

手順

ステップ1: R CMD Checkワークフローの作成

.github/workflows/R-CMD-check.yamlを作成する：

on:
  push:
    branches: [main, master]
  pull_request:
    branches: [main, master]

name: R-CMD-check

permissions: read-all

jobs:
  R-CMD-check:
    runs-on: ${{ matrix.config.os }}

    name: ${{ matrix.config.os }} (${{ matrix.config.r }})

    strategy:
      fail-fast: false
      matrix:
        config:
          - {os: macos-latest, r: 'release'}
          - {os: windows-latest, r: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'devel', http-user-agent: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'release'}
          - {os: ubuntu-latest, r: 'oldrel-1'}

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}
      R_KEEP_PKG_SOURCE: yes

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          r-version: ${{ matrix.config.r }}
          http-user-agent: ${{ matrix.config.http-user-agent }}
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::rcmdcheck
          needs: check

      - uses: r-lib/actions/check-r-package@v2
        with:
          upload-snapshots: true
          build_args: 'c("--no-manual", "--compact-vignettes=gs+qpdf")'

期待結果： ワークフローファイル.github/workflows/R-CMD-check.yamlが、release、devel、oldrelをカバーするマルチプラットフォームマトリクス（macOS、Windows、Ubuntu）で作成される。

失敗時： .github/workflows/ディレクトリが存在しない場合はmkdir -p .github/workflowsで作成する。YAML構文をYAMLリンターで確認する。

ステップ2: テストカバレッジワークフローの作成（任意）

.github/workflows/test-coverage.yamlを作成する：

on:
  push:
    branches: [main, master]
  pull_request:
    branches: [main, master]

name: test-coverage

permissions: read-all

jobs:
  test-coverage:
    runs-on: ubuntu-latest

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::covr, any::xml2
          needs: coverage

      - name: Test coverage
        run: |
          cov <- covr::package_coverage(
            quiet = FALSE,
            clean = FALSE,
            install_path = file.path(normalizePath(Sys.getenv("RUNNER_TEMP"), winslash = "/"), "package")
          )
          covr::to_cobertura(cov)
        shell: Rscript {0}

      - uses: codecov/codecov-action@v4
        with:
          fail_ci_if_error: ${{ github.event_name != 'pull_request' && true || false }}
          file: ./cobertura.xml
          plugin: noop
          token: ${{ secrets.CODECOV_TOKEN }}

期待結果： ワークフローファイル.github/workflows/test-coverage.yamlが作成される。カバレッジレポートが各プッシュとPRでCodecovにアップロードされる。

失敗時： Codecovのアップロードが失敗する場合、リポジトリ設定でCODECOV_TOKENシークレットが設定されているか確認する。パブリックリポジトリの場合、トークンは任意の場合がある。

ステップ3: pkgdownデプロイワークフローの作成（任意）

.github/workflows/pkgdown.yamlを作成する：

on:
  push:
    branches: [main, master]
  release:
    types: [published]
  workflow_dispatch:

name: pkgdown

permissions:
  contents: write
  pages: write

jobs:
  pkgdown:
    runs-on: ubuntu-latest

    env:
      GITHUB_PAT: ${{ secrets.GITHUB_TOKEN }}

    steps:
      - uses: actions/checkout@v4

      - uses: r-lib/actions/setup-pandoc@v2

      - uses: r-lib/actions/setup-r@v2
        with:
          use-public-rspm: true

      - uses: r-lib/actions/setup-r-dependencies@v2
        with:
          extra-packages: any::pkgdown, local::.
          needs: website

      - name: Build site
        run: pkgdown::build_site_github_pages(new_process = FALSE, install = FALSE)
        shell: Rscript {0}

      - name: Deploy to GitHub pages
        if: github.event_name != 'pull_request'
        uses: JamesIves/github-pages-deploy-action@v4
        with:
          clean: false
          branch: gh-pages
          folder: docs

期待結果： ワークフローファイル.github/workflows/pkgdown.yamlが作成される。mainへのプッシュまたはリリース時にサイトがビルドされてgh-pagesブランチにデプロイされる。

失敗時： デプロイが失敗する場合、リポジトリにcontents: write権限が有効になっているか確認する。_pkgdown.ymlにdevelopment: mode: releaseが設定されているか確認する。

ステップ4: READMEへのステータスバッジの追加

README.mdに追加する：

[![R-CMD-check](https://github.com/USERNAME/REPO/actions/workflows/R-CMD-check.yaml/badge.svg)](https://github.com/USERNAME/REPO/actions/workflows/R-CMD-check.yaml)

期待結果： READMEに各ワークフロー実行後に自動更新されるライブCIステータスバッジが表示される。

失敗時： バッジが「ステータスなし」を表示する場合、バッジURLのワークフローファイル名が実際のファイルと一致しているか確認する。最初のワークフロー実行をトリガーするためにコミットをプッシュする。

ステップ5: GitHubリポジトリ設定の構成

pkgdownを使用する場合はGitHub Pagesを有効化する（設定 > Pages）でgh-pagesブランチを指定
カバレッジレポートを使用する場合はCODECOV_TOKENシークレットを追加する
GITHUB_TOKENに適切な権限があることを確認する

期待結果： pkgdownデプロイ用にGitHub Pagesが設定される。必要なシークレットが設定される。トークンの権限がワークフローに対して十分である。

失敗時： Pagesデプロイが失敗する場合、設定 > Pagesでソースがgh-pagesブランチに設定されているか確認する。シークレットが欠如している場合は設定 > シークレットと変数 > Actionsで追加する。

ステップ6: プッシュと確認

git add .github/
git commit -m "Add GitHub Actions CI workflows"
git push

GitHubのActionsタブでワークフローが正常に実行されることを確認する。

期待結果： GitHubのActionsタブですべてのジョブに緑のチェックマークが表示される。ワークフローがプッシュとPRイベントの両方でトリガーされる。

失敗時： Actionsタブのワークフローログを確認する。一般的な問題：システム依存関係の欠如（extra-packagesに追加）、ビネットのビルド失敗（pandocセットアップステップが存在するか確認）、YAMLの構文エラー。

バリデーション

R CMD checkがすべてのマトリクスプラットフォームでパスする
カバレッジレポートが生成される（設定した場合）
pkgdownサイトがデプロイされる（設定した場合）
READMEにステータスバッジが表示される
ワークフローがプッシュとPRの両方でトリガーされる

よくある落とし穴

permissionsの欠如: GitHub Actionsは明示的な権限を要求するようになった。最低限permissions: read-allを追加する
システム依存関係: 一部のRパッケージはシステムライブラリを必要とする。ほとんどのケースを処理するr-lib/actions/setup-r-dependenciesを使用する
pandocなしのビネット: 常にr-lib/actions/setup-pandoc@v2を含める
pkgdownの開発モード: GitHub Pages用に_pkgdown.ymlのdevelopment: mode: releaseを確認する
キャッシュの問題: r-lib/actions/setup-r-dependenciesがキャッシュを自動的に処理する

GitHub 仓库

pjt222/agent-almanac

路径: i18n/ja/skills/setup-github-actions-ci

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